El presidente López Mateos, al inicio de su gobierno, se vio obligado a incrementar el reparto agrícola debido a las presiones campesinas. Así mismo, se dejaron de repartir los certificados de inafectabilidad y ya no se renovaron las concesiones ganaderas que se iban venciendo; de esta manera, el reparto de tierras aumenta a más de 11 millones de hectáreas, que beneficiarían a 498 campesinos, en un promedio de 37.3 hectáreas por persona.
Desde la época de Cárdenas no se había llevado a cabo un reparto similar. En el fondo se buscaba mayor control sobre las organizaciones de masas con miras a la estabilidad política.
A pesar de las medidas sociales, el gobierno de López Mateos fue muy severo en algunos casos.
Por ejemplo, el pintor David Alfaro Siqueiros fue encarcelado durante años por haber criticado al gobierno de México en países de América Latina que el presidente planeaba visitar en giras oficiales. Además, el dirigente agrario morelense Rubén Jaramillo fue asesinado en 1962 sin que se aclararan nunca los hechos.
Y el líder Genaro Vázquez fue encarcelado en 1961.
La decisión presidencial de complementar el reparto de la tierra con recursos, obras y servicios, fue de tal manera importante que la acción emprendida por las diferentes secretarías y departamentos de Estado se canalizó hacia el medio rural.
Así, aparecieron los centros de bienestar social rural, la construcción de escuelas, centros de salud, nuevos sistemas de riego, electrificación, canalización de mayores recursos económicos a los bancos oficiales de crédito, establecimiento del seguro integral agrícola y ganadero y proliferación de caminos de penetración.
Asimismo, la implantación del seguro social a los trabajadores del campo y la entrada al mercado de sus productos a través de la Compañía Nacional de Subsistencias Populares (Conasupo).
Los efectos de la política agrícola, así como la construcción de nuevas industrias manejadas por los propios ejidatarios, fueron producto de la nueva orientación gubernamental.
En el plan sexenal se plasmó el interés de contar cuanto antes con una superficie de riego mayor para el país, de modo que la Secretaría de Agricultura y Ganadería elaboró un estudio integral sobre los recursos hidráulicos de México, del cual se concluye la posibilidad de beneficiar 1 100 000 hectáreas durante el sexenio, al mismo tiempo se pretendía aumentar la producción por hectárea en 40%, tratándose de tierras de riego, y en 20% en tierras de temporal; esto último mediante la rehabilitación de canales, bordos, drenes y caminos de operación; la construcción de estaciones de aforo y climatológicas, de líneas telefónicas, de revestimientos, refuerzos y otras obras complementarias.
El plan fue aprobado y se inició su primera etapa, que comprendía la rehabilitación de los distritos de riego de los ríos Yaqui y Mayo, en Sonora; El Fuerte y Culiacán, en Sinaloa; proseguirán los distritos de Delicias, Chihuahua, Bajo Río Bravo y Bajo Río San Juan, Tamaulipas, Don Martín, Nuevo León y Río Colorado, Baja California.
En su tercer informe de actividades, en 1961, en el apartado de Agricultura y Ganadería, López Mateos menciona:
La producción agropecuaria mantiene su ritmo de desarrollo. Las contingencias climatológicas resentidas en el ciclo pasado se superaron con el incremento de cultivos en zonas irrigadas y en las de mejor eficiencia termopluviométrica, donde se han venido ampliando los programas agrícolas.
Tal hecho se comprueba con la autosuficiencia de la producción nacional en los renglones básicos —desde hace dos años no se ha hecho ninguna importación de maíz para consumo humano—, y con el creciente volumen de las exportaciones agropecuarias.
En 1960, por primera vez en la historia, México exportó 433 000 toneladas de maíz y a la fecha mantenía una reserva de más de 400 000 toneladas, en vísperas de levantar la cosecha de las grandes áreas maiceras de la República, con perspectivas favorables, pues la superficie cultivada en el presente año se estimaba que ascendería a 13 000 000 de hectáreas, o sea 250 000 hectáreas más que el año pasado.
El 14 de abril de 1961 se expidió la “ley sobre, producción, certificación y comercio de semillas”, que pretendía regular la actividad, en vista de la falta de control de calidad en la semilla mejorada producida. La ley destaca la dualidad vivida por la Oee y el Iia, decretando su fusión para dar origen al Inia (Instituto Nacional de Investigaciones Agrícolas).
La misma ley transforma a la Comisión Nacional del Maíz en la Productora Nacional de Semillas (Pronase).
El acta de inauguración del Instituto Nacional de Investigaciones Agrícolas dice:
Hoy día dieciocho de febrero de mil novecientos sesenta y uno, el ciudadano presi- dente constitucional de los Estados Unidos Mexicanos, licenciado Adolfo López Mateos, inauguró, en el edificio del laboratorio de química “Marte R. Gómez”, ubicado en la Escuela Nacional de Agricultura, en Chapingo, Estado de México, el Instituto Nacional de Investigaciones Agrícolas, creado por Decreto Presidencial de fecha 5 de diciembre de mil novecientos sesenta, e instaló el Consejo Nacional de la Investigación y la Enseñanza Agrícola Superior, a cuyos miembros tomó la protesta de rigor.
El Instituto Nacional de Investigaciones Agrícolas ha surgido de la incorporación al antiguo Instituto de Investigaciones Agrícolas de la Oficina de Estudios Especiales de la Secretaría de Agricultura y Ganadería, a fin de unificar programas antes separados, que permitan al Gobierno satisfacer cuantitativa y cualitativamente, las necesidades de alimentación del pueblo mexicano, acrecentadas por el aumento vigoroso de la población, con frutos de su propio suelo.
El Instituto Nacional de Investigaciones Agrícolas es una dependencia de la Secretaría de Agricultura y Ganadería, y tendrá a su cargo la organización, el desarrollo y el fomento de la investigación científica en materia agrícola; comprenderá un Centro de Investigaciones Básicas que funcionará en este lugar, varios centros regionales de investigación y campos experimentales, seguro de que, al encomendar esta tarea a las manos y cerebros hábiles de los técnicos mexicanos, responderán siempre a las más apremiantes necesidades y a los más caros intereses de la patria [firma el Presidente Constitucional de los Estados Unidos Mexicanos, licenciado Adolfo López Mateos].
Muchos de los técnicos y científicos internacionales de la Oficina de Estudios Especiales permanecieron en México como asesores del Instituto Nacional de Investigaciones Agrícolas y comenzaron a poner atención a los problemas de investigación agrícola en otros países 
de América Latina y Asia.
Dos años más tarde, el 25 de octubre de 1963, el presidente Adolfo López Mateos propuso la fundación en México de una institución de investigación agrícola en colaboración con la Fundación Rockefeller, así se creó el Centro Internacional de Mejoramiento en Maíz y Trigo (Cimmyt), un organismo sin fines de lucro y con proyección internacional, con sede en México. Muchos de los técnicos e investigadores que trabajaron en la Oficina de Estudios Especiales, incluyendo a Norman Borlaug, se unieron al Cimmyt.
En la actualidad, el Cimmyt cuenta con más de 100 científicos procedentes de 40 países y alrededor de 500 miembros del personal de apoyo para el cumplimiento de su misión. Las actividades del Cimmyt son patrocinadas por organismos internacionales y regionales de desarrollo, gobiernos nacionales, fundaciones privadas y el sector privado.
Entre sus principales patrocinadores se encuentran el Banco Mundial, los Ee. Uu., Suiza, la Comisión Europea, la Fundación Rockefeller y Japón.
El gobierno de México, al igual que los gobiernos de otros países donde el Cimmyt tiene oficinas, aporta al Centro recursos importantes para proyectos especiales a través de fondos no restringidos que hacen posible mantener la flexibilidad y fomentar la innovación en sus investigaciones.
En ese periodo el sector agropecuario tuvo un rápido crecimiento en términos productivos y económicos superiores al incremento poblacional, que aumenta- ron la disponibilidad per cápita de productos alimenticios, consiguiéndose la autosuficiencia alimentaria nacional y la exportación de excedentes agrícolas.
La tasa de crecimiento anual de la agricultura alcanzó un 4.5%, la ampliación de la superficie cultivada a nivel nacional y el aumento en la productividad de los cultivos por la creación de grandes obras de riego.
Se destinaron grandes volúmenes de productos agrícolas a la exportación, tales como el café, algodón henequén, cacao, jitomate y otros; las exportaciones agropecuarias llegaron a representar en 1961 el 37% del total de las exportaciones del país.
Las divisas que generaron las exportaciones agrícolas, durante los primeros años de la posguerra y a raíz de la coyuntura especulativa provocada por la guerra de Corea, permitieron que el sector primario financiara gran parte del costo de las importaciones de maquinaria y equipo requeridos por la industria nacional.
En 1961 se promulgó la ley de seguros que ayudó a la creación de la Aseguradora Nacional Agrícola y Ganadera, como una medida estratégica para proteger la productividad y capitalización del campo mexicano; fue en su momento la primera experiencia en Latinoamérica en su tipo; proporcionaba protección contra riesgos como heladas, sequías, huracanes, inundaciones, incendios, enfermedades, plagas y muerte en general de plantas y animales productivos por efecto de siniestros naturales, tal gama de protección serviría más adelante para abusar del recurso, simular y enriquecer a algunos vivales sin principios ni ética.
El secretario de Agricultura durante el gobierno de López Mateos fue Julián Rodríguez Adame, quien además de promover programas para contrarrestar la crisis agrícola se le reconoce como el principal impulsor de la fundación del Colegio de Posgraduados de Chapingo, que después se independizó para establecer su sede en Montecillos.
El Colegio de Posgraduados se fundó el 22 de febrero de 1959, teniendo como sede inicial las instalaciones de la Escuela Nacional de Agricultura en Chapingo.
El Colegio de Posgraduados se constituyó como la organización educativa de posgrado más importante de América Latina, para sus funciones creó lo que denominó ramas o divisiones: Botánica, Divulgación, Economía, Entomología, Estadística, Fitopatología, Riego y Drenaje, Genética y Suelos.
Ofreció los grados de maestro en Ciencias y de doctor en Ciencias y siempre ha operado con presupuesto federal a través de la Secretaría de Agricultura, de la cual forma parte orgánicamente.
El importante papel desempeñado por la agricultura en la industrialización mexicana, en el periodo inmediato a la Segunda Guerra mundial, llevó a algunos economistas a considerar que era una de las explicaciones del llamado “milagro mexicano”.
En resumen, las contribuciones que hizo el sector agropecuario de México fueron muchas, entre ellas destacan:
- Garantizar la autosuficiencia alimentaria pese al importante crecimiento demográfico del país y la mejora nutricional de la dieta promedio.
- Crecimiento de la oferta de productos primarios industrializables en beneficio del sector industrial.
- Flujos constantes de mano de obra agrícola para satisfacer las demandas de la industria y los servicios, lo que incrementó el atractivo de las inversiones industriales.
- Transferencias de los excedentes económicos generados por la agricultura hacia el resto de la economía nacional. El ahorro generado en la agricultura sirvió para financiar las actividades no agrícolas.
- El crecimiento del ingreso rural permitió que el sector rural se transformara en un mercado importante para los productos industriales como agroquímicos, maquinaria agrícola, bienes de consumo no duraderos, etc.
- Generación de divisas mediante un crecimiento de las exportaciones agro- pecuarias que se destinaron a financiar las exportaciones de maquinaria y equipo que exigía el proceso de industrialización nacional.
Es necesario aclarar que el modelo seguido por el gobierno federal en esa época fue abrir las puertas a la inversión extranjera directa en el campo a través del esquema de agricultura por contrato, operada por empresas transnacionales o a través de intermediarios; también cobró auge la ganadería extensiva.
Finalmente esta política económica propició la descapitalización del campo de manera creciente, al favorecer la transferencia de recursos hacia el sector urbano-industrial, el corolario fue el incremento de la migración del campo a las ciudades y desde luego a los Ee. Uu.
En lo agrario, un incidente habría de marcar la postura del gobierno federal respecto a la lucha agraria.
En la administración de Ruiz Cortines el movimiento campesino de la tierra de Zapata fue agredido de manera intermitente; a los solicitantes de tierras y ejidatarios se les respondió con una represión policíaco-militar.
En esas condiciones, Rubén Jaramillo volvió a tomar las armas, siendo objeto de persecución y hostigamiento por parte de “fuerzas mecanizadas y de caballería, apoyadas por artillería y aviación”.
Al ocupar la presidencia de la República Adolfo López Mateos, Jaramillo se pacificó, debido a las garantías ofrecidas por el gobierno.
Reinició su quehacer político y social en las filas del Pcm (Partido Comunista Mexicano) a través de otros métodos de lucha.
El 23 de mayo de 1962 sucedió uno de los acontecimientos más graves en la historia contemporánea de México: el asesinato de Rubén Jaramillo, su esposa Epifania Zúñiga La Pifa (en avanzado estado de embarazo) y sus hijos Enrique, Filemón y Ricardo.
Se narra brevemente la muerte del viejo dirigente zapatista, gestor agrario, guerrillero y militante del Partido Comunista Mexicano: como a las dos y media de la tarde, se presentaron alrededor de 60 militares y civiles frente a la calle de Mina número 12, en Tlalquitenango, Morelos, domicilio de la familia Jaramillo.
Heriberto Espinosa, alias El Pintor, se introdujo a la casa, y con violencia, obligó a salir a Rubén, su esposa e hijos, quienes fueron secuestrados, al mismo tiempo que elementos del ejército y la policía sustraían los documentos agrarios en poder del jefe campesino morelense.
Dos horas más tarde, cerca de Xochicalco, los miembros de la familia Jaramillo fueron acribillados y rematados en la cabeza con el tiro de gracia. Las armas y municiones eran reglamentarias, esto es, de uso exclusivo del ejército y la Policía Judicial Federal.
Las declaraciones oficiales en torno al asesinato fueron muy contradictorias.
El Departamento de Asuntos Agrarios y Colonización, queriendo justificar la acción represiva, llegó a caracterizar a Jaramillo de “indisciplinado” y de ser un elemento que “creaba problemas”.
Algunos de los directamente involucrados en la matanza, como el capitán José Martínez y el renegado Heriberto Espinosa El Pintor fueron tratados en forma cruel y salvaje: murieron acribillados el 5 de septiembre de 1962 en el estado de Guerrero, tal vez con el objeto de quitar de en medio a testigos incómodos.
Las fuerzas democráticas y de izquierda elevaron su protesta. El Pcm, el Partido Obrero-Campesino Mexicano, el Partido Popular Socialista, la Confederación de Jóvenes Mexicanos y la Federación de Estudiantes Campesinos Socialistas de México, entre otras organizaciones, demandaron esclarecer el crimen, castigar a los culpables y resolver los problemas agrarios acumulados en Morelos. Incluso formaciones de derecha, como el Partido Acción Nacional y la Unión Nacional Sinarquista, manifestaron su repudio al homicidio colectivo.
Pero el caso se archivó y los culpables intelectuales de la matanza jamás fueron castigados. El asesinato quedó como un antecedente nefasto del trato que se daría a los campesinos que fundaron y desarrollaron la Central Campesina Independiente.
El 25 de mayo de 1962 fue enterrado Rubén Jaramillo. Asistieron a su cortejo fúnebre más de 5 mil campesinos de los estados de Morelos, Puebla y Guerrero.
Su entierro fue una manifestación más del evidente carácter político de eliminación física a todo aquel contario a la corriente gubernamental partidista de aquel entonces.
La ayuda y el financiamiento internacional fue determinante en el periodo. La mayor parte del capital semilla para arrancar operaciones del FIRA, INIA e INIP, Colegio de Post-Graduados y oficina de Asesores Especiales de la SAG, fueron aportadas por la Fundación Rockefeller.
Así también para las obras hidraulicas se dispuso de recursos del BID y el Banco Mundial que aún se siguen pagando.